Vườn quốc gia Wakatobi nằm phía đông nam đảo Sulawesi, giữa 05° 12'-06° 10' vĩ nam và 123° 20'-124° 39' kinh đông, với biển Banda ở phía đông-bắc và biển Flores ở phía tây-nam.[1]

Vườn quốc gia này bao gồm bốn hòn đảo lớn hơn cả là: Wangi-Wangi, Kaledupa, Tomia và Binongko, cùng nhiều hòn đảo nhỏ khác như Tokobao, Bắc Lintea, Nam Lintea, Kampenaune, Hoga và Tolandono. Điểm cao nhất trong vườn quốc gia cao 274 mét (899 ft) tại đảo Wangi-Wangi, tiếp theo là đồi Lagole (271m) tại Tomia, đồi Terpadu (222 m) tại Binongko và núi Sampuagiwolo (203 m) trên đảo Kadelupa.[1] Phần sâu nhất tại vườn quốc gia đạt 1.044 mét (3.425 ft).[2]